1、原料準備
培養料可選用多種農作物秸稈（如棉柴秸稈、大豆秸稈、玉米秸稈等），應新鮮無霉變，并在陽光下充分曬干，并粉碎。應用不添加輔料的栽培方法時，用于種菇的新鮮秸稈細胞還有生命力，菌絲很難分解其纖維素和木質素，秸稈要進行浸泡發酵處理，一般發酵5～7天，發現秸稈長滿雪花狀物質時即可利用栽培。
2、輔料
在培養料中所占比例較小，但對整個培養料的營養起著重要調節與平衡作用的原料我們稱之為輔料。常用的輔料有麥麩（麩皮）、玉米粉、豆餅等。麩皮的添加量一般為5%～15%且越新鮮越好。作為輔料玉米粉添加量應為2%～5%，也是越新鮮越好。高溫季節可少加些，低溫季節可多加些。石灰主要作用是調節酸堿度，添加量為1%～3%。石膏，添加量為1%～3%。無機微量元素根據碳氮比適量添加。
3、場地
栽培食用菌場地包括：原料儲備場地、拌料與裝袋場地、滅菌場地、接種場地、發菌場地。對場地的要求是，地勢較高，便于排水和通風；四周環境清潔，遠離垃圾場或污染較重企業。對于一個規模化食用菌場，這些場地的安排布局要合理，操作方便，減少搬運裝卸和菌袋破損，提高工作效率和菌棒的成品率。
4、拌料
一般認為，不同的原料栽培食用菌由于自身營養物質含量的差別其產量有所不同。食用菌栽培實踐證明，某種栽培食用菌的主料固然對產量有一定影響，但是對于許多原料而言，只要添加適量的輔料，做到營養均衡，配方合理，仍會得到很理想的產量。在制定一個培養料配方時應注意以下兩個問題：一是針對每種菇對營養的需求特點，合理搭配碳素營養和氮素營養，做到碳素和氮素營養平衡。二是對于通氣性較差的原料，可適當添加透氣性較好的原料。料水比例。拌料時料水比一定要合理，含水量一般在65%左右，即用手捏料有水滴滲出，但不形成水流即可。拌料。拌料前先將拌料場地打掃干凈。拌料時按配方比例，先將主料灘鋪在場地上，而后將輔料先按配方比例混合均勻，再將混勻后的輔料撒入主料上，并用木鍬混合均勻。最后按料水比加水。加水后再用鐵鍬上下翻勻，然后用拌料機將料攪拌兩次即可。拌好的料水分大小是否合適，可用手抓一把料用大力攥，發現手指間有溢水出現，其料水比屬正常范圍。
5、裝袋時間
料拌勻后可馬上裝袋。特別是夏季高溫季節，培養料很容易酸敗，使PH值下降到6.5以下。塑料袋的選擇。熟料栽培食用菌最常用的塑料袋為17厘米×35厘米×0.04厘米的低壓高密度聚乙烯，這種塑料袋韌性較好，袋子不易破損，污染率低。如果是機器裝袋其規格應為17厘米×33厘米×0.04厘米的一端已封口塑料袋。也可用先扎口一端的筒袋。裝袋。裝袋時一定注意袋內料的松緊度要適中，裝得太緊影響透氣性發菌慢，裝得太松易污染雜菌。
6、滅菌
滅菌是將料袋內的一切生物利用熱能殺滅的一個過程。目前我國最普遍采用的方法是常壓滅菌，而高壓滅菌應用較少。常壓滅菌過去是采用土蒸鍋，用土蒸鍋滅菌其缺點是裝料少，裝鍋出鍋操作不便，料冷卻較慢。取而代之的是利用小鍋爐（蒸氣發生器）進行菌棒的常壓滅菌，這種滅菌方法，操作方便，冷卻也快。現在采用高壓滅菌更能節省燃料，縮短滅菌時間。
7、接種
菌種應選高產、抗逆、廣溫型菌種。接種就是將固體菌種或液體菌種接入菌棒的過程或方法。接種的整個過程都應按無菌操作要求進行。能否做到無菌操作是接種成敗的關鍵，也是菌棒能否感染菌的關鍵。接種方法可分為接種室、接種箱和接種帳接種。
8、發菌
發菌是指菌棒接種后菌絲長滿整個過程。發菌不管是在室內還是塑料大棚，最重要的是：干凈、干燥、通風、適溫。發菌場所。在室內發菌，可先將室內打掃干凈，如是水泥地面最好用水沖洗一次。沖洗后要通風曬干。塑料大棚作為發菌場所，關鍵是要通風干燥。搬運。接種完畢后，將接好種的菌棒及時運到發菌室或發菌大棚。菌棒的擺放。在夏季高溫季節發菌，菌棒要單排擺放，每排可放3～5層。如場地允許可井字擺放。這種擺放有利菌棒散熱及避免燒菌。在冬季生產菌棒時，菌棒發菌有兩種情況：一種情況是發好的菌棒就地直接出菇，這種情況可將菌棒按一定行距擺放（每排之間的距離為70～80厘米），每排可擺放菌棒5～8層。還有一種情況是發好的菌棒發滿后，再將菌棒移至出菇場所出菇，每排可擺放5～6層。菌棒的發菌管理。發菌溫度要控制在20℃～25℃，冬季可采取土暖氣或陽光增溫，夏季主要管理措施是降溫，降溫的方法是在早晨和晚上進行通風。整個發菌過程決不能噴水，濕度越低越好。發菌過程不需要光線特別是不能有直射陽光，在發菌過程中還要控制菌棒感染雜菌，菌棒發菌需要新鮮空氣，發菌場所要結合溫度情況進行通風換氣。
9、出菇管理
當菌絲吃透料層，秸稈由黃色變為黃白色或白色時，就快出菇了。這時要根據濕度、溫度、食用菌長勢和質量要求等因素采取噴水、通風、覆土等管理措施。頭潮菇采收后，消除表面的雜物和死菇，用濕潤新土將采后留下的空穴補平，并適當補充養分。
利用棉柴秸稈栽培食用菌，又因食用菌品種、原料、栽培設施、地理氣候條件等因素不同，使其栽培方法各不相同，再加上原料組合不一，產品價格不一，在實際生產中，基于以上的基本流程，各地因地制宜出現了多種多樣的食用菌栽培模式。
